最近多くのページに導入されているgoogleサイト内検索ですが、Googleフリー検索エンジンとGoogle Custom Search Engineの二種類があります。ここでは、この二種類を比較していきます。
Google フリー検索
登録不要。 ページに表示されているソースを貼り付けるだけでとても簡単。 多少のカスタマイズも可。 詳細は http://www.google.co.jp/intl/ja/faq_freewebsearch.html を参照してください。
Google Custom Search Engine
登録必要。 検索対象となるサイトや検索結果のページのデザインなどがカスタマイズ可能なサービス。
google custom search engineに特徴的なのは 検索結果に対して広告が表示され、これを自分のIDによるAdSenseにすることができることです。
以下の方法で登録が可能です。
・「Control panel」の「Make Money」から、AdSenseのアカウントを登録する。 ・確認メールが届く。 ・許可する。さらに、検索ページを、自分のドメイン内で表示することが可能で、これにより自分のサイトのPVを増やすことができます。（ちなみにGoogleフリー検索では検索結果がgoogleのドメイン上で表示されます。）
ただ、少し注意しないといけないことがあり、
google custom search engineは登録無料だけど広告を表示するStandard Edition（非営利団体、教育関係、政府関係のサイトでは広告を表示しなくて良いというオプションが選択できる。）と1年ごとに100$払って広告を表示させないBusiness Edition（XML APIを通してより細かい検索結果をカスタマイズできるようにもできる。）がありますので、注意して選択する必要があります。
以上のことから、サイトを運営する人は、google custom search engineの方がお得な感じがします。
参考サイト
http://netafull.net/tech/016334.html
http://www.google.com/coop/manage/cse/create/1
http://services.google.com/freesearch/ja